Berdasarkan PMA No 11 Tahun 2022 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Agama Nomor 15 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan, Struktur Organisasi Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan Denpasar terdiri atas
1. Kepala Balai;
2. Kepala Subbagian Tata Usaha;
3. Kelompok Jabatan Fungsional.